Phytophthora du Grec φυτόν phytón plante and φθορά phthorá destruction est un genre de champignons oomycètes phytopathog

Phytophthora (du Grec : φυτόν (phytón), “plante” and φθορά (phthorá), “destruction”) est un genre de « champignons » oomycètes phytopathogènes infectant un grand nombre de végétaux parmi lesquels se trouvent plusieurs plantes ou arbres cultivés tels la pomme de terre, la vigne, le châtaignier ou le pommier. Il touche également les cactus (). Le genre est décrit pour la première fois en 1875 par Heinrich Anton de Bary. Approximativement 100 espèces de Phytophthora ont été décrites, cependant on estime leur nombre entre 100 et 500.

Phytophthora

sur une feuille de poireau (Allium porrum).

Classification MycoBank
Règne	Chromista
Embranchement	Oomycota
Classe	Oomycetes
Ordre	Peronosporales
Famille	Peronosporaceae

Genre

Phytophthora
de Bary, 1876

Synonymes

Petri
Miyabe, 1903
L.Mangin, 1903
G.H.Pethybridge, 1913
Kleb.
R.E.Sm. & E.H.Sm.
H.E.Petersen
Sparrow, 1931

Biologie

Ces organismes autrefois classés parmi les champignons sont aujourd'hui rattachés aux straménopiles. En effet, bien que présentant un aspect morphologique semblable aux champignons de par la présence de mycélium, leur biologie (métabolisme, cycle de reproduction sexuée) est très différente. La confusion taxonomique des oomycètes avec les champignons phytopathogènes a entraîné un retard dans l'acquisition de connaissances sur ce phytopathogène majeur.

Les Phytophthora sont des parasites qui ont des modes d'infection de type biotrophe, nécrotrophe et hémibiotrophe. Selon l'espèce considérée, une souche peut être pas, peu ou très pathogène et plus ou moins virulente selon les conditions de l'environnement et l'espèce hôte infectée. La gamme d'hôtes peut être étroite et limitée à quelques espèces (Phytophthora infestans) ou bien large et englobant plusieurs genres et familles de végétaux différents (Phytophthora ramorum, Phytophthora cinnamomi).

Les Phytophthora sont diploïdes à l'état végétatif et présentent des cycles de reproduction asexuée et sexuée. Le cycle de reproduction asexuée se réalise à l'aide de sporanges et de zoospores ainsi que de chlamydospores pour certaines espèces. Le cycle de reproduction sexuée fait intervenir la production de gamétanges où se déroule la méiose (anthéridie et oogone) qui fusionneront pour former une oospore. Ils peuvent croître et se reproduire in vitro sans plante-hôte en milieux liquides ou gélosés, synthétiques ou à base d'extraits végétaux. Cependant, la présence de certains produits comme les stérols sont essentiels pour la fabrication des oospores.

Écologie

On sait que ces organismes peuvent être transportés par les canaux et cours d'eau .

Phytophthora peut aussi toucher les arbres (semis et racines des hêtres matures par exemple), peut être au cours de co-infections ou d'infections opportunistes (après des gels, sécheresses ou pluies polluées par exemple).

Dans toute l'Europe, une espèce de Phytophthora, P. xalni, est responsable de dépérissements massifs d'aulnes en bord de rivières depuis la fin des années 1990. Cette espèce est un hybride stérile qui craint les extrêmes du climat. Elle est favorisée par le réchauffement du climat dans le NE de la France (hivers moins froids), mais craint les étés caniculaires du SE.

On l'a cru cause première des dépérissements presque foudroyants de marronniers observés dans les années 2000, mais il pourrait n'être qu'un agent secondaire opportuniste, car non systématiquement trouvé. Le marronnier serait plutôt victime de la bactérie Pseudomonas syringae.

En 2012, après des pluies printanières prolongées, on a constaté en Allemagne du sud, une mortalité importante des pousses basses de l'année, chez de jeunes hêtres (en sous-étage, jusqu’à une hauteur de 2 m) ; les nécroses touchant parfois aussi les tissus de l’année précédente. Une cinquantaine de branches ont été analysées, et un spécimen du genre Phytophthora retrouvé dans presque 70 % des cas. Il semblait provenir du sol et remonter vers les parties aériennes (via les éclaboussures de pluie, ou via des spores remontés par des insectes et/ou escargots). Des forestiers craignent que la régénération naturelle et artificielle du hêtre, notamment en sous-étage en soit affectée (par un ralentissement de croissance et affaiblissement des jeunes plants, notamment sur sols très humides ou peu drainants et déjà infesté par Phytophthora).

Espèces de Phytophthora

C'est un groupe d'espèces qui co-évolue probablement depuis très longtemps avec les plantes, en s'adaptant par de multiples stratégies à leurs systèmes de défense. Il est possible que les activités humaines (échanges et transports de produits agricoles, sylvicoles et horticoles) aient pu contribuer à propager certaines souches pathogènes dans le monde (mildiou de la pomme de terre par exemple) ou à les favoriser en dégradant les sols et la diversité des végétaux cultivés. Des souches introduites peuvent attaquer des espèces indigènes. Par exemple, un colloque a indiqué qu'en Australie en 2001 Phytophthora cinnamomi affectait directement 2000 des 9000 espèces indigènes du continent. En 2010, on en connaissait 98 espèces, mais malgré les progrès de la systématique moléculaire, des confusions sont encore possibles dans la reconnaissance de nouvelles espèces et des difficultés persistent dans l'identification des espèces. Ceci est en partie dû au fait que certaines séquences de la GenBank sont encore mal identifiées (à partir de cultures parfois mal annotées). Des complexes d'espèces de P. capsici, P. citricola, P. cryptogea, P. dreschleri, P. megasperma pourront faire l'objet de révision taxonomie.

Certains sont considérés comme des pathogènes émergents, faisant l'objet de suivis dans certains pays :

Phytophthora cactorum, responsable d'une maladie du pommier communément appelée ;
Phytophthora infestans, responsable du mildiou de la pomme de terre ;
Phytophthora cinnamomi, responsable de maladies racinaires sur Rhododendron, de la maladie de l'encre du châtaignier (Europe, Amérique du Nord) et de l'encre du chêne (Q. robur, Q. rubra, Q. ilex, Q. suber, Europe) ;
Phytophthora ramorum, responsable de maladies foliaires sur Rhododendron et diverses plantes ornementales ainsi que de la maladie de la mort subite du chêne aux États-Unis.

Traitement

Un traitement au Trichoderma harzianum peut être efficace dans certaines conditions.

En préventif, l'Aliette, un fongicide systémique autorisé en France est efficace sur la plupart des plantes, tout en ménageant les mycorhizes et la pédofaune.

Liste des taxons de rang inférieur

Liste des espèces selon GBIF (19 avril 2022) :

Ginetti, T.Jung, D.E.L.Cooke & Moricca
B.S.Weir, Beever, Pennycook & Bellgard
P.M.Scott, R.McDougal & P.M.Taylor
Phytophthora alni Brasier & S.A.Kirk
Maseko, Cout. & M.J.Wingf.
T.I.Burgess & T.Jung
Adler & Flier
C.X.Hong
C.X.Hong
A.J.Rea, Stukely & T.Jung
M.Z.Rahman, H.Mukobata & Kageyama
Saude & Hausbeck
T.Jung, M.Horta Jung, Scanu & Bakonyi
Gresl. & E.M.Hansen
T.I.Burgess
M.F.Mideros, L.E.Lagos & S.Restrepo
Aghighi, G.E.Hardy, J.K.Scott & T.I.Burgess
Abad, J.A.Abad & Louws
Sawada
E.M.Hansen, W.Sutton & Reeser
Chee
De Cock & Man
Phytophthora cactorum (Lebert & Cohn) J.Schröt.
K.S.Amin, Baldev & F.J.Williams
(Petri) Buisman
Bezuid., Denman, A.McLeod & S.A.Kirk
Phytophthora capsici Leonian
M.A.Dick & K.Dobbie
N.J.Brazee, X.Yang & C.X.Hong
Katsura & K.Uchida
T.Jung, Horta Jung, Bakonyi & Scanu
Man
Brasier & E.M.Hansen
Naher, Hid.Watan., Chikuo & Kageyama
Bertier, H.Brouwer, De Cock & D.E.L.Cooke
Phytophthora cinnamomi Rands
Sawada
Phytophthora citrophthora (R.E.Sm. & E.H.Sm.) Leonian
P.A.Taylor, Pascoe & F.C.Greenh.
B.S.Weir, Beever, Pennycook, Bellgard & J.Y.Uchida
Phytophthora colocasiae Racib.
T.I.Burgess
A.J.Rea, Stukely & T.Jung
T.I.Burgess
Scanu, Deidda & T.Jung
Phytophthora cryptogea Pethybr. & Laff.
(Ideta) Ito
(Ideta) S.Ito
Seethal. & K.Ramakr.
Sawada
Sawada, 1927
Bertier, H.Brouwer & De Cock
Phytophthora drechsleri Tucker
A.Rea, Stukely & T.Jung
Phytophthora erythroseptica Pethybr.
Marano, A.L.Jesus & Pires-Zottar.
E.M.Hansen & T.Jung
S.Takim. ex S.Ito & Tokun.
K.Dobbie & M.A.Dick
(Höhnk) Sparrow
T.Jung, M.Horta Jung, Scanu & Bakonyi
T.Jung & T.I.Burgess
Donahoo & Lamour
T.Jung, M.Horta Jung, Scanu & Bakonyi
Hickman
M.Z.Rahman, S.Uematsu, Toru Takeuchi, K.Shirai & Kageyama
Maseko, Cout. & M.J.Wingf.
T.Jung & Nechw.
Man
T.Jung, Stukely & T.I.Burgess
Z.G.Abad & Shew
(H.E.Petersen) Buisman
L.A.Shuttlew., K.Scarlett, R.Daniel & D.I.Guest
T.Jung, Stukely & T.I.Burgess
De Cock & Man
T.Jung, M.Horta Jung, Scanu & Bakonyi
Carne
Dastur
Vettraino, Brasier & Vannini
W.H.Ko & Ann
Xiao Yang & C.X.Hong
D.M.Kenn.
Buddenh. & Roy A.Young
Phytophthora infestans (Mont.) de Bary
T.Jung, M.Horta Jung, Scanu & Bakonyi
Caros. & Tucker
Ann & W.H.Ko
Xiao Yang, Balci, Brazee, Loyd & C.X.Hong
T.Jung, M.Horta Jung, Scanu & Bakonyi
Brasier, Sánch.Hern. & S.A.Kirk
Flier & Grünwald
Ershad
C.X.Hong & Gallegly
Mantri & K.B.Deshp.
Cacciola, Magnano & Belisario
G.M.Waterh.
Brasier, Beales & S.A.Kirk
T.I.Burgess
Bertier, H.Brouwer & De Cock
Brasier, Cacciola, Nechw., T.Jung & Bakonyi
Tucker & Milbrath
Sawada
Sawada ex H.H.Ho & H.S.Chang
Sawada
M.Z.Rahman, S.Uematsu, Motohashi, Kimish., H.Suga & Kageyama
(C.C.Chen ex W.H.Ko, H.S.Chang, H.J.Su, C.C.Chen & L.S.Leu) Voglmayr, Göker, Riethm. & Oberw.
T.Jung, Stukely & T.I.Burgess
Xiao Yang, Copes & C.X.Hong
Erwin
J.A.G.Irwin
Mc Rae
McRae
Phytophthora medicaginis E.M.Hansen & D.P.Maxwell
Phytophthora megakarya
Phytophthora megasperma Drechsler
Cacciola & Hoa
Katsura
G.T.Browne, Gallegly & C.X.Hong
Hotson & Hartge
Galindo & H.R.Hohl
Xiao Yang, Copes & C.X.Hong
Abad & S.C.Nelson
T.I.Burgess
Ilieva & Man
Phytophthora multivora P.M.Scott & T.Jung
M.Z.Rahman, S.Uematsu, Toru Takeuchi, K.Shirai & Kageyama
E.M.Hansen & Reeser
Phytophthora nicotianae Breda de Haan
Phytophthora nicotianae Henn.
Grünwald & Werres
Man
Schena, Ruano-Rosa, Agosteo & Cacciola
Scanu, B.Linaldeddu & T.Jung
J.S.Wang & J.Y.Lu ex H.H.Ho
Phytophthora palmivora (E.J.Butler) E.J.Butler
Mostowf., D.E.L.Cooke & Banihash.
Scanu & Denman
Thaxt.
Leonian
Alv.Durán, Gryzenh. & M.J.Wingf.
Mirab.
T.Jung & T.I.Burgess
Reeser, W.Sutton & E.M.Hansen
Belbahri, E.Moralejo, Calmin & Oszako
Sawada
Foister
J.A.Toml.
Thomlinson, 1952
Cacciola & Tri
Safaief., Mostowf., G.E.Hardy & T.I.Burgess
M.Z.Rahman, S.Uematsu, Kanto, Kusunoki, Y.Ishiguro, H.Suga & Kageyama
T.I.Burgess
T.Jung & Delatour
Hamm & E.M.Hansen
T.Jung & E.M.Hansen
Balci & S.Balci
T.Jung
Crand.
Phytophthora ramorum Werres, De Cock & Man
Pires-Zottar., A.L.Jesus & Marano
Buisman
Buisman
Reeser, W.Sutton & E.M.Hansen
E.M.Hansen & W.F.Wilcox
(W.F.Wilcox & J.M.Duncan) Manld
Mantri & K.B.Deshp.
E.M.Hansen & Reeser
Reeser & E.M.Hansen
Phytophthora sojae Kaufm. & Gerd.
Xiao Yang & C.X.Hong
Xiao Yang, Copes & C.X.Hong
(Kleb.) Kleb.
Pgchlamydo
Kröber & Marwitz
Man
G.W.Wilson & Davis
T.Jung & Stukely
E.M.Hansen & D.P.Maxwell
Aragaki & J.Y.Uchida
T.Jung, T.Cech, Scanu, Horta Jung & Bakonyi
Scanu, Cacciola, Seddaiu, Bakonyi & T.Jung
T.Jung & E.M.Hansen
Alcock & Foister
T.Paap & T.I.Burgess
Purss
Xiao Yang & C.X.Hong
T.Jung, Horta Jung, Scanu, Bakonyi & Cacciola

Notes et références

↑ ^{a b c d e f g h et i}GBIF Secretariat. GBIF Backbone Taxonomy. Checklist dataset https://doi.org/10.15468/39omei accessed via GBIF.org, consulté le 19 avril 2022.
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↑ ^{a et b}Nechwatal J., Hahn J., Schönborn A., Schmitz G. [2011]. A twig blight of understorey European beech (Fagus sylvatica) caused by soilborne Phytophtora spp. Forest Pathology 41 : 493-500 (8 p., 2 fig., 2 tab., 38 réf.).
Second International Meeting on Phytophthora in Forests and Natural Ecosystems, Albany, Western Australia, Sept-Oct 2001.
↑ ^{a et b}Abstracts: 5th IUFRO Phytophthoras in Forests and Natural Ecosystems Auckland and Rotorua, New Zealand, 7-12 March 2010.
Biological control of Phytophthora cambivora (Petri) Buisman in chesnut tree.

Liens externes

Sur les autres projets Wikimedia :

Phytophthora, sur Wikimedia Commons
Phytophthora, sur Wikispecies

(en) BioLib : Phytophthora de Bary, 1876 (consulté le 19 avril 2022).
(en) Catalogue of Life : Phytophthora (consulté le 19 avril 2022).
(en) Index Fungorum : Phytophthora (+ liste espèces) (+ MycoBank) (consulté le 20 avril 2022).
(fr + en) GBIF : Phytophthora de Bary, 1876 (consulté le 19 avril 2022).
(fr) INPN : Phytophthora de Bary, 1876 (TAXREF) (consulté le 19 avril 2022).
(en) IRMNG : Phytophthora de Bary, 1876 (consulté le 19 avril 2022).
(fr + en) ITIS : Phytophthora Bary, 1876 (consulté le 19 avril 2022).
(en) MycoBank : Phytophthora (consulté le 20 avril 2022).
(en) OEPP : Phytophthora de Bary (consulté le 19 avril 2022).
(en) Taxonomicon : Phytophthora de Bary (1876) (consulté le 19 avril 2022).
(en) WoRMS : Phytophthora de Bary, 1876 (+ liste espèces) (consulté le 19 avril 2022).

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Portail de la protection des cultures

[GBIF19_avril_2022-1] {a b c d e f g h et i}GBIF Secretariat. GBIF Backbone Taxonomy. Checklist dataset https://doi.org/10.15468/39omei accessed via GBIF.org, consulté le 19 avril 2022.

[2] Brasier CM, 2009. Phytophthora biodiversity: how many Phytophthora species are there? In: Goheen EM, Frankel SJ, eds. Phytophthoras in Forests and Natural Ecosystems. Albany, CA, USA: USDA Forest Service: General Technical Report PSW-GTR-221, 101–15.

[3] Jean-François Morot-Gaudry, Roger Prat (dir.), Biologie végétale. Croissance et développement, Dunod, 2017, p. 222-223.

[4] Genotypes of Phytophthora ramorum in Waterways in Washington State Gary A Chastagner1, Katie Coats1, Daniel Omdal2, Amy Ramsey-Kroll2, and Marianne Elliott1 (Résumé ).

[Allem2012Hetre-5] {a et b}Nechwatal J., Hahn J., Schönborn A., Schmitz G. [2011]. A twig blight of understorey European beech (Fagus sylvatica) caused by soilborne Phytophtora spp. Forest Pathology 41 : 493-500 (8 p., 2 fig., 2 tab., 38 réf.).

[6] Second International Meeting on Phytophthora in Forests and Natural Ecosystems, Albany, Western Australia, Sept-Oct 2001.

[Phyto2010-7] {a et b}Abstracts: 5th IUFRO Phytophthoras in Forests and Natural Ecosystems Auckland and Rotorua, New Zealand, 7-12 March 2010.

[8] Biological control of Phytophthora cambivora (Petri) Buisman in chesnut tree.